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Après tant d'années de guerre, de pillages et d'exactions en tout genre, la région de Montendre est comme bien d’autres, sinistrée. Les champs sont envahis de ronces, devenus des « déserts » qu'il faut remettre en valeur. Des « colons » originaires d'autres provinces, attirés par des baux avantageux arrivent alors. Ce sont eux qui ont permis la « reconstruction agraire », dont la toponymie garde de nombreuses traces (hameaux portant depuis lors le nom de leur premier propriétaire, précédé de « chez »).
Au siècle suivant, la Réforme religieuse connut un remarquable développement dans cette province.
Le protestantisme gagna une partie de la population, dont certains seigneurs qui prirent fait et cause pour la foi réformée. A Montendre, Louis de La Rochefoucauld devint un des principaux chefs des armées réformées pendant les Guerres de Religion. De nombreuses églises de la châtellenie furent saccagées, voire détruites comme celle de Montendre, mais aussi à Chardes et à Vallet. En 1598, avec l’Edit de Nantes, Henri IV fit de Montendre une « place de sûreté » protestante. Une garnison fut installée dans le château.